تا پیش از تصویب قانون جرم سیاسی، همه متهمان این حوزه با جرائم امنیتی محاکمه می‌شدند. 24 شهریور علی القاصی‌مهر، دادستان تهران، گفته بود که برای نخستین‌بار، دو پرونده با «پنج متهم» در دادگاه کیفری تهران بر‌اساس قانون «جرم سیاسی» رسیدگی خواهد شد که ۱۸ پرونده دیگر نیز از‌سوی دادسرای تهران، مصداق جرائم سیاسی است. اطلاعی از اسامی همه متهمانی که قرار است با عنوان اتهامی جرم سیاسی محاکمه شوند، در دست نیست؛ اما گویا یک وکیل دادگستری و از وکلای متهمان سیاسی خودش در صف متهمان سیاسی قرار گرفته است. نعمت احمدی، وکیل دادگستری، گفت که از متهمان اولین دادگاه‌های جرائم سیاسی است که قرار است در آبان برگزار شوند. او به ایسنا گفته «من در مصاحبه‌ای با روزنامه آرمان مطالبی را مطرح کردم که سازمان بازرسی کل کشور علیه من شکایت کرد و آن را یک نقد اصلاح‌گرایانه و در قالب جرم سیاسی دانست و برابر ماده یک و دو قانون جرم سیاسی کیفرخواست برایم صادر شد و جلسه دادگاه در ۱۸ آبان سال جاری تشکیل خواهد شد. او گفته مصاحبه‌ام دو بخش داشت و راجع به فساد در ایران بود. درست زمانی که آیت‌الله رئیسی دادگاه‌های مفاسد اقتصادی را تشکیل داد و چندین شعبه تشکیل شد و افرادی محاکمه شدند، از من سؤال شد و من گفتم فساد در ایران رو به جلوست و کاش این دادگاه‌ها زودتر تشکیل می‌شد؛ زیرا فساد در ایران در بخش‌های مختلف گسترش پیدا می‌کند و از این فساد آسیب می‌بینند. در همان زمان اخباری پخش شده بود و افرادی هم در جاهایی بازداشت شدند و بنده اشاره‌ای هم به نهادهای نظارتی کردم که چطور می‌شود یک موضوع به‌صورت کلی در یک نهاد و سازمان پیش بیاید و فساد تا این مرحله پیش برود؛ مانند آقای طبری که ۲۰ سال در کنار رئیس قوه بود، مگر امکان دارد؟ مگر امکان‌پذیر است نهادهای ناظر توجه نکنند. مگر می‌شود در بانک‌ها فردی ۱۲ هزار میلیارد معوقه بانکی داشته باشد؟ در‌صورتی‌که برای اخذ وام ازدواج ده‌ها سند و مدرک باید ارائه شود یا مؤسسات مالی آن‌قدر گسترش پیدا می‌کنند که در کشور نهادینه شده‌اند. من می‌گویم نظارت‌ها کجا رفته و آن را نقد کردم که به‌عنوان اتهام نشر اکاذیب دانسته شد». قانون جرم سیاسی در ۲۹اردیبهشت سال ۹۵ به تصویب مجلس شورای اسلامی و نیز به تأیید شورای نگهبان رسید. به گزارش ایسنا احمد مؤمنی‌راد، سخنگوی هیئت‌منصفه جرائم مطبوعاتی و سیاسی گفت: نخستین پرونده جرائم سیاسی در تاریخ جمهوری اسلامی ایران در روز یکشنبه ۲۰ مهر در شعبه ۹ دادگاه کیفری یک استان تهران با حضور هیئت قضائی به ریاست قاضی محمدی‌کشکولی و با حضور هیئت منصفه جرائم مطبوعاتی و سیاسی برگزار شد. 
این جلسه در سالن ولایت دادگستری استان تهران برگزار شد و علیرضا زاکانی به‌عنوان متهم جرم سیاسی بابت مصاحبه در برنامه تلویزیونی تهران ۲۰ شبکه پنج سیمای جمهوری اسلامی با شکایت وزارت اطلاعات مبنی بر نشر اکاذیب در دادگاه حضور یافت. در این جلسه پس از قرائت قرآن ابتدا نماینده دادستان کیفرخواست را قرائت کرد و بر‌اساس بند «ث» ماده ۲ قانون جرم سیاسی علیرضا زاکانی را متهم به نشر اکاذیب کرد و سپس با دعوت رئیس دادگاه نمایندگان وزارت اطلاعات شکایت خود را با ذکر دلایل مطرح کردند. 
بعد از آن آقای زاکانی در سخنانی مشروح و مفصل با ذکر دلایل و شواهد از خود دفاع کرد. هیئت منصفه پس از استماع سخنان شاکی و مشتکی‌عنه و مطالعه پرونده آنان تشکیل جلسه داد و پس از مشورت و ارائه دیدگاه‌های مختلف با رأی‌گیری به اتفاق آرا متهم را مجرم ندانست. به‌این‌ترتیب نخستین دادگاه متهمان سیاسی که بر‌اساس اصل ۱۶۸ قانون اساسی و نیز قانون جرم سیاسی باید با حضور هیئت منصفه برگزار شود، تشکیل شد.
براساس اصل ۱۶۸ قانون اساسی، رسیدگی به جرائم سیاسی و مطبوعاتی علنی است و با حضور هیئت منصفه در محاکم دادگستری صورت می‌گیرد. نحوه انتخاب، شرایط، اختیارات هیئت منصفه و تعریف جرم سیاسی را قانون براساس موازین اسلامی معین می‌کند. جرائم سیاسی اگرچه مصادیقش در قانوم مشخص شده؛ اما باید چهار ویژگی داشته باشند. ویژگی اول اینکه در ماده ۲ قانون جرم سیاسی تصریح شده باشند و ویژگی دوم اینکه با انگیزه اصلاح امور کشور ایراد شده باشند و ویژگی سوم اینکه علیه مدیریت و نهادهای سیاسی یا سیاست‌های داخلی یا خارجی کشور ارتکاب پیدا کرده باشند و چهارم اینکه مرتکب آن قصد ضربه‌زدن به اصل نظام جمهوری اسلامی را نداشته باشد. این ویژگی‌ها جرائم سیاسی را از جرائم امنیتی تفکیک می‌کند؛ یعنی حتی اگر فردی مرتکب مصادیق جرم سیاسی بر‌اساس ماده 2 قانون جرم سیاسی شده باشد؛ اما ویژگی‌های دیگر از سوی دادگاه یا دادستان احصا نشود، او تبدیل به متهم امنیتی می‌شود! همین مسئله باعث شده که دست مفسر قانون در دادگاه باز باشد؛ یعنی دو متهم با یک جرم مشابه؛ اما دو تفسیر متفاوت از انگیزه اتهامی‌شان می‌تواند برچسب متهم سیاسی یا امنیتی بخورد. براساس ماده ۲ قانون جرم سیاسی، جرائم زیر، سیاسی محسوب می‌شوند: توهین یا افترا به رؤسای سه قوه، رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام، معاونان رئیس‌جمهوری، وزرا، نمایندگان مجلس شورای اسلامی، نمایندگان مجلس خبرگان و اعضای شورای نگهبان به واسطه مسئولیت آنان. توهین به رئیس یا نماینده سیاسی کشور خارجی که در قلمرو ایران وارد شده است، با رعایت مفاد ماده ۵۱۷ قانون مجازات اسلامی بخش تعزیرات. جرائم مندرج در بندهای «د» و «ه» ماده ۱۶ قانون فعالیت احزاب، جمعیت‌ها، انجمن‌های سیاسی و صنفی و انجمن‌های اسلامی یا اقلیت‌های دینی شناخته‌شده مصوب 7/6/1360 جرائم مقرر در قوانین انتخابات خبرگان رهبری، ریاست‌جمهوری، مجلس شورای اسلامی و شورای اسلامی شهر و روستا به استثنای مجریان و ناظران انتخابات و نشر اکاذیب.
همچنین براساس ماده ۴ این قانون متهمان سیاسی از امتیاز محاکمه در حضور هیئت منصفه برخوردار می‌شوند و نیز بر‌اساس ماده ۶ مجرمان سیاسی هم از این امتیازات بهره‌مند می‌شوند که عبارت‌اند از «مجزا‌بودن محل نگهداری در مدت بازداشت و حبس از مجرمان عادی، ممنوعیت از پوشاندن لباس زندان در طول دوران بازداشت و حبس، ممنوعیت اجرای مقررات ناظر به تکرار جرم، غیرقابل استرداد‌بودن مجرمان سیاسی، ممنوعیت بازداشت و حبس به صورت انفرادی به جز در مواردی که مقام قضائی بیم تبانی بدهد یا آن را برای تکمیل تحقیقات ضروری بداند؛ اما در هر حال، مدت آن نباید بیش از ۱۵ روز باشد. حق ملاقات و مکاتبه با بستگان درجه اول در طول مدت حبس و حق دسترسی به کتب، نشریات، رادیو و تلویزیون در طول مدت حبس از‌جمله امتیازات یک متهم سیاسی در مقایسه با متهم امنیتی است.
این قانون لایه بسیار نازکی از جرائم را در دسته سیاسی طبقه‌بندی کرده است. صالح نیکبخت، وکیل دادگستری، معتقد است که آنچه حقوق‌دانان از جرم سیاسی برداشت می‌کنند، این است که جرم سیاسی مخالفت با نظام سیاسی کشور را نیز در بر می‌گیرد؛ ولی برای مخالفت با نظام سیاسی، فرد نباید متوسل به خشونت شود و از طرف دیگر، مخالفت نباید به‌ خاطر منفعت شخصی، معروف‌شدن فرد و تعریف و تمجید دیگران باشد؛ بلکه باید در راستای حفظ منافع عمومی باشد؛ اما قانون جرم سیاسی که به تصویب رسیده است، این مسائل را برآورده نمی‌کند و به‌همین‌دلیل با وجود تصویب آن، نه اجرای آن جدی گرفته شده و نه با استقبال فعالان مدنی و سیاسی روبه‌رو شد؛ زیرا لازمه‌ تحقق جرم سیاسی این است که فرد تابع کشور، با حفظ نظم عمومی و عدم توسل به خشونت این حق را داشته باشد که با اصول مخالفت کند؛ اما این قانون با تعریفی که از جرم سیاسی ارائه داده است، خواسته‌های مردم و اصل ۱۶۸ قانون اساسی را برآورده نمی‌کند.


اصل 168 احیا نشد 

محمدعلی کامفیروزی، حقوق‌دان، درباره اینکه این ایراد به قانون جرم سیاسی وارد است که ممکن است خود قانون هم قربانی سیاست شود و به‌علت خلأهایی که دارد و در برخی موارد تشخیص جرم سیاسی از امنیتی به دادگاه سپرده شده، در اجرا مبتلا به سلایق و نگاه‌ها و برخوردهای سیاسی شود، به «شرق» گفت: «به نظر من از همان زمان تنظیم طرح قانون جرم سیاسی در مجلس، این برداشت‌ها و اعمال نظرات سیاسی دخیل بوده‌اند. درواقع نمایندگان مجلس در همان سال 1392 که درگیر تهیه این قانون شدند، مهم‌ترین مصادیق جرم سیاسی مانند «فعالیت تبلیغی علیه نظام جمهوری اسلامی» و... را از زمره جرائم سیاسی ندانستند. 
این در حالی است که عمده احکام فعالان مدنی و سیاسی با همین عناوین اتهامی «فعالیت تبلیغی علیه نظام» و «اجتماع و تبانی به قصد ارتکاب جرم علیه امنیت کشور» و «تشکیل، اداره یا عضویت در دسته و جمعیت با هدف بر‌هم‌زدن امنیت کشور» در دادگاه‌های انقلاب اسلامی صادر می‌شود. در‌واقع عمده پرونده‌های مربوط به فعالیت‌های سیاسی و مدنی، در دادگاه‌هایی رسیدگی می‌شود که هم از‌لحاظ رعایت حقوق دفاعی متهم و هم از‌لحاظ ترتیبات رسیدگی و هم از لحاظ تعیین مجازات معمولا سخت‌گیرانه‌ترین برخوردها را دارند. از‌این‌رو است که دو سال پیش نمایندگان مجلس طرحی را تصویب کردند تا اصلاحاتی روی قانون جرم سیاسی انجام شود؛ اما متأسفانه آن طرح بی‌نتیجه باقی ماند.
بنابراین به نظر من مجلس در سال 1395 با تصویب قانون جرم سیاسی، بیش از آنکه به‌دنبال احیای اصل 168 قانون اساسی باشد، این اصل را تعطیل کرده است؛ زیرا صرفا چند جرم کوچک و با مجازات کم (که البته با تصویب قانون کاهش مجازات حبس تعزیری، مجازاتشان کمتر نیز شده است) را به‌عنوان جرم سیاسی قلمداد کرده و تازه برای احراز سیاسی‌بودن این چند عنوان مجرمانه محدود هم، احاله به امور ذهنی و انتزاعی و قابل تفسیری مانند «انگیزه اصلاح امور کشور» و «نبود قصد ضربه‌زدن به نظام» کرده که امکان اعمال سلیقه در برخورد با متهمان مختلف را باز‌ می‌گذارد.
ما زمانی می‌توانیم از اجرای اصل 168 قانون اساسی سخن بگوییم که همه عناوین مجرمانه‌ای که گفته شد، مشمول قانون جرم سیاسی شوند و ضابطه‌های دقیق و روشن‌تری برای احراز جرم سیاسی در نظر گرفته شود؛ نه اینکه به پرونده‌های فعالان سیاسی و مدنی و دانشجویان در جلسات غیر‌علنی رسیدگی شود و احکام 10 سال و پنج سال و دو سال و یک سال حبس برای فعالیت‌های سیاسی آنها صادر شود و برای جرائم کوچکی مانند نشر اکاذیب و توهین به مقامات (که معمولا حتی در صورت اثبات، منجر به صدور احکامی مانند جزای نقدی می‌شوند)، دادگاه کیفری یک و هیئت‌منصفه تشکیل شود.
کامفیروزی درباره اینکه آیا متهمانی که به اتهام امنیتی بازداشت یا محاکمه شده‌اند، امکان واخواهی حکم و اعتراض و بررسی مجدد بر‌مبنای جرم سیاسی را دارند یا خیر و فرایند آن آیا در قانون آمده، افزود: درباره جرائم امنیتی که در فصل اول قانون مجازات اسلامی بخش تعزیرات آمده همان‌طور که گفتم، طبق قانون جرم سیاسی از جرائم سیاسی به شمار نمی‌رود؛ اما اگر کسی متهم به یکی از جرائم مندرج در ماده ۲ قانون جرم سیاسی باشد یا وکیل چنین متهمی، هم در مرحله دادسرا و هم در مرحله دادگاه می‌توانند به این مسئله اشاره کنند و حتی اگر پرونده در دادگاه غیر صالح رسیدگی شود، می‌توانند با ادعای جرم سیاسی‌بودن اتهام، به صلاحیت دادگاه اعتراض کنند و درخواست صدور قرار عدم صلاحیت به نفع دادگاه کیفری یک کنند. ضمنا اگر دادگاه به این ایراد توجه نکرد و رأی را صادر کرد، می‌توانند در مرحله تجدیدنظرخواهی هم به موضوع عدم صلاحیت دادگاه اشاره کنند و در‌صورتی‌که دادگاه تجدیدنظر این ایراد را بپذیرد، رأی صادره را نقض می‌کند تا پرونده جهت رسیدگی در دادگاه صالح و با حضور هیئت منصفه به دادگاه کیفری یک ارجاع شود. این ترتیبات در ماده ۵ قانون جرم سیاسی و مواد ۲ و ۳ بخش‌نامه رئیس قوه قضائیه درباره جرم سیاسی هم آمده است